Las principales actividades de investigación del departamento son las siguientes áreas:

• Briología: Taxonomía sistemática, distribución y cartografía de Briofitos de Navarra y España. Género Fissideus. Revisión de colecciones históricas.
• Truficultura: estudio de evolución de micorrizas de árboles micorrizados en vivero por trufa y plantados en campo. Truficultura como alternativa de desarrollo rural y aplicación en la reforestación de áreas abandonadas.
• Revegetación y control de la erosión en taludes de carreteras
• Palinología: estudio fotográfico y fotométrico del polen de las Fabaceas (leguminosas) que viven en Navarra. Claves para su identificación.
• Impacto del fuego en la flora vascular y briofítica de bosques navarros y su recuperación: estudio del impacto del fuego y la recuperación post-incendio de la flora, después de fuegos controlados y diversos tratamientos.
• Bioclimatología y biogeografía.
• Malherbología. Estudio del ciclo biológico de malas hierbas.

• Identificación de material vegetal: plantas vasculares, briofitos, hongos, micorrizas y algas.
• Detección de bioindicadores vegetales.
• Estudios de biodiversidad vegetal.
• Truficultura y micorrizas forestales.
• Recuperación de espacios alterados por obras públicas o incendios.
• Biomonitorización de comunidades vegetales.
• Malherbología.